この記事を参考に、PukiWikiの設定を変えます。
http://www.atmarkit.co.jp/fwin2k/verification/web200802/web200802_05.html
http://phponwindows.net/PukiWiki.aspx
PukiWikiのディレクトリにある、attach、backup、cache、counter、diff、trackback、wikiのアクセス権限に「変更」の許可を与えます。
ここでは、attachのアクセス許可を編集している例です。
記事のように、icacls というコマンドでアクセス許可を編集しても構いません。
PukiWikiのインストールマニュアルを見る限り、記事とは異なるアクセス許可が
設定されていたので、以下の資料はそのように変更しました。
※管理者権限のあるコマンド・プロンプトを開き、以下のコマンドを順に実行する cd D:\Apache\Apache2.2\htdocs\pukiwiki icacls attach /grant Web:(OI)(CI)(M) icacls backup /grant Web:(OI)(CI)(M) icacls cache /grant Web:(OI)(CI)(M) icacls counter /grant Web:(OI)(CI)(M) icacls diff /grant Web:(OI)(CI)(M) icacls trackback /grant Web:(OI)(CI)(M) icacls wiki /grant Web:(OI)(CI)(M)
Webブラウザーから、このURLにアクセスする。PukiWikiを配置した場所により適宜URLは修正してください。
http://localhost/pukiwiki/index.php?plugin=md5
これは、「pukiwiki.ini.php」の「PKWK_SAFE_MODE」が0以外になっているのが原因です。
セーフモードだと、セキュアですが一部のコードが実行できなくなります。
「PKWK_SAFE_MODE」を0に設定します。

記事のとおりにアクセスできました。passと入力して、計算してみます。
pukiwiki.ini.phpに書いてあるサンプルと同じ結果になりました。

このツールを使用して、パスワードを計算し、pukiwiki.ini.phpに書き込みます。
これで、pukiwiki.ini.phpを開いても、ひと目ではパスワードがわからなくなりました。
すでにネタばれですが、PKWK_SAFE_MODEを1にして有効にします。

以上です。